Estos son los directorios y los archivos mas importantes de Linux:

/ Directorio raíz:

/bin: Ejecutables (o binarios) básicos del sistema, cuando, por ejemplo ejecutamos el comando cp en realidad ejecutamos /bin/cp.

arca: Muestra la arquitectura del ordenador.
cp: copia un archivo a otro lugar.
gzip: comprime/descomprime
login: Iniciar sesión como otro usuario.
more: Muestra un archivo poco a poco (como les).
rm: Borra archivos
sh, bash: Interpretes de comandos.
ls: Muestra el contenido de una carpeta.
mount: Monta un dispositivo en una carpeta.
rmdir: Borra una carpeta
sleep: "Duerme" el sistema durante los segundos que le indiques.
touch: Cambia la hora de ultimo acceso y modificación de un archivo, si no existe lo crea.
cat: Muestra el contenido de un archivo.
date: Muestra la hora del sistema.
echo: muestra el contenido de variables o lo que le indiques.
kernelversion: muestra la versión del Kernel
ps: Muestra los procesos del usuario, con ps aux muestra todos.
chgrp: Cambia de grupo un archivo.
grep: Muestra líneas siguiendo un patrón.
kill: "Mata" un proceso.
mkdir: Crea una carpeta.
pwd: Muestra la ruta de la carpeta en donde estamos.
su: Cambia de usuario temporalmente.
umount: Desmonta un dispositivo.
chmod: Cambia los permisos de un archivo.
ln: Crea un enlace entre archivos o carpetas.
mv: Mueve un archivo.
uname: Información del sistema.
chown: Cambia el usuario de un archivo.
dir: Parecido a ls.
netstat: Información de la red.
tar: Agrupa archivos en un .tar

/boot: Archivos de arranque del sistema.

System.map-2.2.20-idepci: Mapa del sistema.
boot.b: Archivo de arranque.
vmlinuz-2.2.20-idepci: Imagen del kernel.
config-2.2.20-idepci: Configuración del kernel.

/dev: Dispositivos (devices) del sistema.

fd0: Disquetera.
hdxy: Partición nº y del disco duro nº x.
ttyx, ptyx: Terminales del sistema tanto locales como remotas.
ramx: Bloques de memoria ram.
random: Dispositivo generador de números aleatorios.
PSUC: Entrada del ratón (PS2).
snd: Tarjeta de sonido.
lpx: Impresora x.
null: Salida de datos que no lleva a ninguna parte.

/etc: Archivos básicos de configuración.

fstab: Información sobre los sistemas de archivos, aquí se configuran los dispositivos que deben montarse y sus sistemas de archivos.
mime.types: Los tipos mime y sus extensiones, los tipos mime son las relaciones entre el tipo de archivos y su extensión.
modules: Módulos que deben ser cargados en el inicio del sistema.
shadow: Contraseñas encriptadas y ocultadas.
profile: En esta archivo se configura la variable PATH, los prompt y los permisos con que serán creados los archivos (umask).
group: Grupos que hay en el sistema.
mtab: Dispositivos ya montados.
protocols: Lista de protocolos de internet que soporta la maquina.
hostname: Nombre del host.
deluser.conf: Que se hace cuando se elimina a un usuario.
services: Servicios de la red.
timezone: Zona horaria.

/home: Aquí están las carpetas de cada usuario.

/initrd: Esta carpeta esta vacía, se usa para guardar datos de arranque durante el arranque, mira el manual de initrd y el de boot para mas Información.

/lib: Librerías del sistema.

libcap.so.1 libdb2.so.2.7.7 libnss_compat-2.3.2.so libpamc.so.0.76 libss.so.2
iptables libcap.so.1.10 libdl-2.3.2.so libnss_compat.so.2 libpcprofile.so, etc...

/mnt: Aquí se montan normalmente los cdrom y la disquetera.

/proc: Información del sistema usada por el kernel.

(Nº de proceso):
cmdline: Los argumentos que son pasados al kernel durante el arranque.
cwd: Es un enlace al directorio de trabajo de un proceso, para saber el directorio de trabajo del proceso 50 por ejemplo haríamos: cd /proc/50/cwd; /bin/pwd
environ: Contiene el "ambiente" de un proceso, para ver el del proceso 50, haremos: (cat /proc/50/environ; echo) | tr "\000" "\n"
exe: En Linux 2.2 y 2.4 exe es la ruta del proceso, esto sirve para ejecutar una copia del proceso, para volver a ejecutar el proceso 50 haremos: /proc/50/exe.
fd: Es una carpeta que tiene un enlace a cada archivo que el proceso ha creado o utilizado.
maps: Contiene las zonas de accesos a la memoria y los permisos del proceso.
root: Apunta al sistema de archivos del root.
status: Información combinada de stat y statm de forma mas comprensible.

bus: Información sobre los buses instalados.
pci: Información sobre los buses pci instalados.

cmdline: Los argumentos que son pasados al kernel durante el arranque.
cpuinfo: Información sobre el micro procesador.
devices: Dispositivos.
dma: Lista de los canales dma en uso.
filesystems: Lista de sistemas de archivos que soporta del kernel, el comando mount usa esta lista.

ide: Hay una carpeta para canal ide y Información sobre los drivers
Cada carpeta tiene los siguientes archivos:
cache: Tamaño del buffer en KB.
capacity: Numero de sectores.
driver: versión del driver.
geometry: Geometría física y lógica.
identify: en hexadecimal.
media: Tipo de media.
model: Numero de modelo manufacturado.
settings: Opciones de la unidad.
smart_thresholds: En hexadecimal.
smart_values: En hexadecimal.

interrupts: Lista de las interrupciones.
ioports: Lista de los puertos de entrada/salida en uso.
kcore: Representa la memoria física del sistema
kmsg: Archivo con los mensajes del kernel, hay que ser root para leerlo.
meminfo: Memoria del equipo, tanto la usada como la libre.
modules: Lista de los módulos que han sido cargados en el sistema.

net: Estadísticas e Información de la red.

partitions: Contiene la lista de particiones.
pci: Lista de los dispositivos PCI y su configuración.
celo: El directorio apunta a el proceso que esta accediendo a /proc.
stat: Estadísticas del kernel y del sistema.
swaps: Las áreas swaps en uso.

sys: Carpetas con las variables del kernel.
debug: Probablemente vacío.
dev: Información sobre algunos dispositivos (cdrom...)
fs: Archivos diversos.
kernel: Archivos con nombres auto-explicativos.
net: Archivos relacionados con la red.
sunrpc: Soporte para el sistema de archivos de red (NFS).
vm: Contiene Información sobre la gestión de la memoria, el buffer y el cache.

tty: Contiene archivos sobre los drivers de las tty.

utime: El primer numero es el tiempo que el ordenador lleva encendido y el segundo el tiempo gastado en procesos idle ambos en segundos.
versión: versión del kernel y del sistema.

/root: esta es la carpeta privada del root, aquí puede guardar los archivos personales.

/sbin: Aquí se encuentran los comandos de administración.

MAKEDEV: Con este comando se puede crear un dispositivo.
halt: Este comando para el sistema pero no apaga del todo.
init: Este es el archivo que se carga justo después del kernel en el arranque.
lilo: Un gestor de arranque.
mkfs: Para hacer un sistema de archivo para Linux.
poweroff: Apaga sistema completamente.
reboot: Reinicia el ordenador,
shutdown: Sirve para diversas funciones como apagar el ordenador, reiniciarle en diferentes modos, todos ellos pueden ejecutarse en el momento o al cabo de x minutos.
swapoff: Desactiva el área swap.
swapon: Activa el área swap.

/tmp: Aquí se almacenan los archivos temporales, esta carpeta se borra en el arranque.

/usr: En esta carpeta están el resto de archivos de configuración, ejecutables, fuentes, etc...

X11R6: Aquí están las fuentes, librerías y manuales del sistema X-Window.

include: Aquí están las fuentes (las carpetas X11/pixmaps y X11/bitmaps son interesantes).
lib: Mas librerías, entrando en x11/locales encontramos loas diferentes paquetes con las codificaciones de cada idioma.
man: Los manuales de algunos programas.

bin: Aquí están la mayoría de comandos (unos 1000 en mi sistema).

doc: Unos cuantos documentos y Información (la mayoría apuntan a /usr/share/doc).

games: Los 'juegos' que hayas instalado.

include: Un montón de .h (fuentes que usan algunos programas cuando los compilas).

info: Es un enlace a /usr/share/info.

lib: Otras tantas librerías (.o y .so).

local: Aquí están todos los archivos que nos están en ninguna otra parte, cuando instalas un programa copia Aquí sus archivos. Contiene estas carpetas que estarán vacías si aun no has instalado nada:

bin
games
include
lib
man
sbin
share
src
virtual

sbin: Mas comandos (unos 150 en mi sistema).

share: Aquí están los archivos que los usuarios comparten.

src: Aquí están las fuentes del kernel y otras.

/var: Aquí se almacenan las variables y los logs.

backups: Las copias de seguridad de los programas y comandos.

cache: Aquí encontramos los archivos en cache de algunos programas como pueden ser el apache o el apt, en el directorio /var/cache/man encontramos mas manuales.

lib: Como siempre mas librerías y configuraciones de cada programa.

log: Un montón de logs (registros de lo que hace cada programa) ya sabes que leer cuando te aburras.

mail: El correo de los usuarios.

spool: Archivos semi-temporales como los archivos en cola de impresión.

tmp: Archivos temporales.