Fisgoneando los archivos:

Para ver el contenido de un directorio usaremos el comando "ls", el comando ls sin opciones no mostrara los archivos que empiezan por ".", estos archivos suelen ser configuraciones como ".bash_historia" o "bash_profile", para ver estos archivos usamos la opción -a (ls -a).
ls tiene muchas opciones, todas ellas son del estilo "ls -(letra).
Las opciones de un comando las podemos encontrar viendo su manual (man ls).
Las opciones mas útiles de ls son las siguientes:

#Con -a muestra todo el contenido"
$ ls -A
.bash_history .bash_profile .bashrc

#Con -F muestra "/" si se trata de un directorio, "*" si es un ejecutable, "@" si es un enlace y nada si es un archivo normal.
$ ls -F
enlace@ Archivo.normal.jpg carpeta/

#ls -l muestra casi toda la información sobre los archivos
$ ls -l
-rw-r--r-- 1 peter peter 1254 Nov 26 16:16 frame_derecho.html
drwxr-xr-x 2 peter peter 4096 Feb 10 20:17 hola
-rw-r--r-- 1 peter peter 1440 Nov 26 16:16 index.html
drwxr-xr-x 2 peter peter 4096 Feb 10 20:17 kk
-rw-r--r-- 1 peter peter 1445 Nov 2 20:27 linex2.jpg

La 1ª columna muestra los permisos, esta dividida en grupos de 3, el 1º "sobra" (no cuenta en ningún "grupo") ya que indica si es una carpeta "d" o si es un archivo "-".
La 2ª muestra el numero de enlaces fuertes que tiene el archivo, para las carpetas además es el numero de carpetas que tiene dentro (por defecto dos "." y "..").
La 3ª muestra el propietario del archivo y la 4ª el grupo.
La 5ª muestra el tamaño en bytes.
La 6ª es la fecha y la hora de ultima la modificación.
Y la 7ª el nombre.

#Con -R muestras todo el contenido de la carpeta recursivamente, 1º se muestra el contenido de la carpeta y luego se va mostrando el contenido del resto ordenadamente (muy útil para mirar todo).
$ ls -R
.:
atrib banner banner2 banner3 h public_html

./carpeta1:
1
ls: ./atrib/1: Permission denied

./carpeta2/CursoLinux:
archivo1 archivo2 archivo3

./carpeta2/subcarpeta1:
archivos....

./carpeta2/subcarpeta2:
archivos...

#Con ls -S ordenas los archivos por su tamaño
#Con ls -1 muestra un archivo por columna.
$ ls -1
archivo1
archivo2



El 1º grupo de 3 muestra los permisos del propietario del archivo (mostrado en la 3ª columna).
El 2º grupo muestra los permisos del grupo del propietario (mostrado en la 4ª columna).
El ultimo grupo muestra los permisos del resto usuarios que no son ni el propietario ni de su grupo.
Veamos ahora un "grupo": "rwx" la r significa permiso de lectura (de read), la w permiso de escritura (de write) y la x permiso de ejecución (si no es ni una ejecutable ni una carpeta estará en blanco "-", si se trata de un directorio es permiso de entrada).
Entonces si un archivo tiene los siguientes permisos: -rw-rw-rw- quiere decir que todo el mundo podrá verlo y modificarlo.
Si tiene los siguientes permisos: -rw-r--r-- todo el mundo podrá verlo pero solo el propietario (y el root) podrá modificarlo.
Con los permisos se pueden producir casos curiosos como "d---------", nadie podrá ni siquiera entrar en el directorio, o "d--x--x--x" todo el mundo podrá entrar pero nadie podrá ver lo que hay ni crear nada.
En el caso en el que no puedas hacer algo el comando "protestara":

$cd 1
-bash: cd: 1: Permission denied